基尔大学创办于1665年，历史悠久，学科门类齐全，是德国富有传统的大学之一。一批享有声望的科学家曾在此任教，如马克斯·普兰克（maxplanck），海因里希·赫茨（heinrichhertz），以及于1950年获诺贝尔奖的化学家奥托·迪尔斯（ottodiels），他是在基尔任教过的总共6名诺贝尔奖获得者中的最后一名。

第二次世界大战期间，基尔大学除校属医院之外，几乎所有的大学建筑物都毁于空袭。1945年后，基尔大学在基尔市西北郊一块约80公顷的土地上进行了重建和扩建。只有校属医院还留在市中心附近的原大学旧址上。现在除了少数几个部门外，大学的所有院、系、诊所均被安排在崭新的配有现代化设施的大楼里。

基尔大学包括9个学院：

神学院（theologie）

法学院（rechtswissenschaften）

经济—社会科学学院（wirtschafts－undsozialwissenschaften）

医学院（medizin）

人文学院（philosophie）

数学—自然科学学院（mathematiknaturwissenschaft）

农业学院（agrarwissenschaften）

技术学院（technik）

教育学院 （erziehungswissenschaften）

基尔大学可容纳16500名学生，但目前在大学9个学院注册就读的学生已达23000名，其中包括来自世界85个国家的1300名外国学生。大学的165个院系、医院及其它机构分别分布在250多幢大楼内。此外大学还拥有3个实验农场，占可耕农田约500公顷。

基尔大学拥有800多名教职员工，是基尔最大的就业场所，为基尔市和周边地区带来了不可估量的经济效益。基尔大学拥有400名教授和教学人员，有1700多名科学工作者和医生从事教学、科研和医疗保健工作，有近6000名员工从事技术员、技工或管理工作。

基尔大学的9个学院共开设了80个专业。基尔大学海洋研究已经历了100多年的历史。基尔大学的经济学研究享有世界声誉，特别是在金融领域的研究。在医学研究领域，基尔大学医院对骨盆腔检查的器械和外科手术的发展，以及对世界范围内的最少感染外科手术的发展具有决定性的影响。