《净明忠孝全书》是净明道的基本典籍。有关净明教义、方术及主要传人生平与活 动事迹具载于此。全书六卷，《正统道藏》收入太平部。卷一至卷五题“净明传教法师 黄元吉编集，嗣法弟子徐慧校正”。卷六题“净明法子玉隆陈天和编集，庐陵徐慧校正”。 据该书前序载，元至治三年（1323），黄元吉编成《净明忠孝全书》和《玉真语录》， 为全书的前五卷。
元泰定二年（1325），黄元吉去世，弟子陈天和编《中黄先生问答》为卷六。全书 经净明道第三代嗣法宗师徐异校正，于元泰定四年成书。
卷一收净明道祖师及传人传记七篇。前四篇为《净明道师旌阳许真君传》《净明经 师洪崖先生传》《净明法师洞真先生传》《净明监度师郭先生传》，是许逊和“净明三 师”—— 张氲、胡慧超、郭璞的传记，皆采撷前史和传闻撰成，可资了解净明道神仙谱系。 后三篇即《西山隐士玉真刘先生传》《中黄先生碑铭》《丹扃道人事实》，为净明道宗 师刘玉、黄元吉、徐异的传记，述三人生平事迹较详，是研究净明道创教及传承的主要 资料。
卷二收阐释净明道法文论五篇。有题许逊撰《玉真灵宝坛记》，胡化俗（即胡慧超） 述《净明大道说》《净明道法说》，郭璞述《净明法说》、郭璞撰《玉真立坛疏》，皆 系刘玉创教期间，托称众真降授的文字。其中《净明大道说》谓忠孝为大道之本，修道 贵在忠孝立本，方寸净明，净、明、忠、孝，四美俱备，不用修炼，自然道成。《净明 道法说》称无极清虚曰净明，欲治其外，先正其内，欲正其内，先去其欲，元欲而心自 正，心正则道法备。
卷三至卷五收录刘玉语录计七十五条，每卷二十五条。以问答形式写成，为刘玉向 弟子传教之言论汇集。如卷三《玉真先生语录内集》，为净明忠孝教义的语录。刘玉称 “净明只是正心诚意，忠孝只是扶植纲常”。谓真忠至孝之道，可概括为三十字：“惩 忿窒欲，明理不昧心天；纤毫失度，即招黑暗之愆；霎顷邪言，必犯禁空之丑”。学道 者由真忠至孝，可复归本净元明之境。又谓世人若能以孝道二字常蕴在方寸内，则言必 忠信，行必笃敬，忿消欲寡，改过迁善，方备人道。净明忠孝，人人分内皆有，学为人 之道，当忠君孝亲，奉先淑后。修净明道者，须先除净胸腹间魑魅魍魉。如卷四《玉真 先生语录外集》，为净明道法的语录。刘玉谓雷霆一阴一阳，其源实出先天之道，诛击 世间不孝恶物；净明道炼度之法仅为一符，不似诸家百十道符之繁；告斗之法不设斗灯， 符命绝少。以为通真达灵，贵在得先天之气，返真还元，同归太极，而归无形。欲入道 者，只须亲书誓词，当依法付度，不须申奏文字，醮谢不限定仪，不得举债泛费。据此 可知净明道法不重斋醮之特点。又如卷五《玉真先生语录别集》，多为阐释净明道义理 之语录。谓净明大教使学者从博而约，从修而证，回后天而先天，复有名而无名，符净 明无为，以臻于一，亦即三教归一。净明先天大道原于一气，忠孝净明非同何真公符水 治药，只能救治一疾一病，而可使人民仁寿，天下太平，君上安而民自阜。谓上士以文 立忠孝，以言为天下倡；中士以志立忠孝，以行为天下先；下士以力致忠孝，以身为众 人率。忠孝为臣子之良知良能，人人具此天理，只要真履实践，人人皆可成圣成仙。忠 孝之道非必长生，死而不昧忠孝之心，即可位列仙班。
卷六《中黄先生问答》。收录黄元吉阐释净明忠孝教义之言论凡十三条。他认为： 居处端庄，斋戒沐浴，以崇香火，仅为外貌之净，内外交养，除去欲念，方为真净；聪 明睿智，守之以愚，可谓能明；不欺心，不昧理，不妄语，方谓能忠；能养亲、正心、 惜身，为最上品的孝道。谓仙道以吐纳按摩，休粮辟谷而成真，净明道以惩忿窒欲，改 过迁善，明理复性，无愧人道，方谓真人。学人必须践履端正，守道专一，临事诚敬， 方能获得三界保举，达到圣贤神仙地位。又谓道由心悟，玄由密证，学道者初不拘在家 出家，得道至人，亦不在官职崇卑，皆可悟道成真。