东南大学基础医学院位于风景秀丽的玄武湖畔，环境优美的丁家桥校区。学院设有病原生物学与免疫学、遗传学与发育生物学、病理学与病理生理学、人体解剖学与组织胚胎学、生理学与药理学五个学系，拥有一个研究中心、四个医学科学研究所，一个计算机中心和一个实验中心。
学院拥有一个省级重点学科（遗传学）；两个省部级重点实验室（江苏省“135工程”基因诊断与基因治疗重点实验室、教育部“发育与疾病相关基因”重点实验室）和国际“hla表达与肿瘤“参考实验室。现有博士点1个，硕士点10个。遗传学为医学院首批博士学位授权点，"长江学者奖励计划"特聘教授设岗单位。遗传学、生物化学、病理学、生理学、病原微生物学、免疫学、人体解剖学与组织胚胎学均为国务院首批批准的硕士学位授权点，2003年新增发育生物学、药理学、生物工程学硕士学位授权点。培养了一批优秀的毕业研究生，其中，杨焕明、贺林等在生命科学领域都已成为国内外学术界知名科学家。
学院在肿瘤发生的免疫遗传学；肿瘤发生的表遗传学机制；疾病的基因诊断与基因治疗；基因工程药物、疫苗的研究；基因组与生物信息学；神经内分泌生理；呼吸生理基因表达与调控；临床生化发育相关基因的功能研究；粘细菌发育的分子机制；干细胞的基础与应用；脑移植与中枢神经系统再生与修复；脑血管病性脑损伤与修复机制；中枢神经系统发育、再生与免疫调控；基因工程抗原抗体；免疫调节；基因免疫；病毒感染和病毒免疫；细菌毒素；分子肿瘤学；肝脏病理；肾脏病理；神经免疫药理；心血管免疫药理等生命科学和基础医学领域开展多方位研究。2000年至今，学院获得“杰出青年基金”项目1项，“973”、“863”计划子课题3项，国家自然科学基金18项，美国nih课题1项，省部级项目60余项。学院积极开展国内外学术交流，先后与美国、加拿大、丹麦、挪威、德国、法国等国家10余所医学院校、科研机构建立了学术交流及合作科研关系，聘请国内外著名专家11人为兼职教授，其中院士3人。
学院具有一支以学术造诣较深的专家、教授为龙头，中青年骨干教师为主体，结构合理的教学科研队伍。有多名从国外归来的博士后学科带头人和一批有博士学位的中青年骨干教师。有“长江学者奖励计划”特聘教授1名；教育部优秀教师1名；国家杰出青年基金获得者1名；8江苏省"333"工程和"青蓝工程"学术带头人、江苏省"青蓝工程"优秀骨干教师多名；国家、省部级“有突出贡献”的中青年专家多名。
学院设有生物工程（四年制本科）专业，培养掌握较为扎实的现代生命科学基础理论和实验技术，具有良好的工程学基础，全面发展的复合型、应用型、研究型，能在理、工、农、医、药等生物工程相关领域从事教育、科技和管理工作的高级专门人才，为国家的经济建设服务。本专业有博士、硕士学位授予权，优秀本科生可免试推荐攻读硕士、博士，进行一体化培养。
目前，学院已形成了从本科生、硕士生、博士生、博士后到留学生一整套人才培养体系，承担5年制与7年制医学和生命科学各专业各层次40多门基础课程的教学任务，年教学工作量近3万课时。