磨憨边境贸易区位于云南省最南端，地处云南省与中南半岛的枢纽部位，与老挝磨丁口岸接壤，距西双版纳州府景洪190多公里（昆曼公路走线），距云南省省会昆明700多公里。从磨憨出境后，到老挝南塔省省会62公里，到老挝古都-琅勃拉邦285公里，到老挝首都万象680公里；经老挝向东可进入越南，向南可到达柬埔寨、马来西亚，向西可到泰国、缅甸。经老挝会晒到泰国国家级口岸清孔228.3公里（昆曼公路走向），到泰国首都曼谷约1000公里，区位优势十分显，是我国通往老挝唯一的国家级陆路口岸及通向东南亚最便捷的陆路通道，也是澜沧江-湄公河次区域合作的主体通道之一和建设中国-东盟自由贸易区的最佳结合部。
1992年3月3日磨憨被国务院批准为国家一类口岸，993年12月22日正式开通，1994年8月向第三国人员开放。为依托国际大通道建设，充分发挥其区位优势，进一步扩大对外开放，加强与东南亚国家的经贸往来，2000年6月23日省委、省政府在姐告现场办公会上将磨憨确定为全省"一特三区"之一，实行特殊的管理方式和特殊的优惠政策进行布局建设，体现了省委、省政府对西双版纳州对外开放的重视和支持。按照省委、省政府的统一部署，在州委、州人民政府的领导下，在勐腊县及有关部门关心、支持下，贸易区工委和管委于2001年5月22日正式挂牌成立，成为云南省扩大对外开放的试验示范区之一。同时设立了中共西双版纳州磨憨边境贸易区工作委员会和磨憨边境贸易区管理委员会，负责领导和管理区内的政治、经济和社会事务。
磨憨边境贸易区的发展面临着国家实施西部大开发、国际大通道建设、澜沧江-湄公河区域合作及中国-东盟自由贸易区建设等重要历史机遇，如何抢抓机遇，发挥优势，乘势发展，走出有特色、有优势、有效益的发展之路，必须科学地确立符合贸易区的发展框架。贸易区工、管委认真实施省委、省政府"一特三区"的建设目标和州委、州政府"开放活州"战略，以"三个有利于"为标准，充分预见国际大通道建设的综合长远效益和辐射功能，走可持续发展和与国际口岸接轨的路子，以构建中国-东盟自由贸易区为前提，积极探索中国-东盟自由贸易区建设的路子和经验，按照建设生态化、民族化、现代化、国际化口岸城市的要求，用全新的思路，全新的观念，高起点、高标准地制定了《设立磨憨边境贸易区总体方案》。