AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有着广泛应用的一个分子力场。开发这个力场的是Kollman课题组,最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质和核酸体系而开发的,计算其力场参数的数据均来自实验值,后来随着AMBER力场的广泛应用,包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富,逐渐开发出了一个可以用于生物大分子、有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。但是总体来讲,AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算,其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。
AMBER力场的势能函数形势较为简单,所需参数不多,计算量也比较小,这是这个力场的一大特色,但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性。本力场用谐振子模型计算键长伸缩能和键角弯转能,用傅立叶级数的形式来描述二面角扭转能,选用Lennard-Jones势来模拟范德华力;用库仑公式来描述静电相互作用,其势能表达式为:
<math>V_{(r^N)}=\sum_{bonds} \frac{1}{2} k_b (l-l_0)^2 + \sum_{angles} \frac{1}{2} k_a (\theta - \theta_0)^2 + \sum_{torsions} \frac{1}{2} V_n [1+cos(n \omega- \gamma)] +\sum_{j=1} ^{N-1} \sum_{i=j+1} ^N \left\{4\epsilon_{i,j}\left[\left(\frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right)^{12} - \left(\frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right)^6 \right]+ \frac{q_iq_j}{4\pi \epsilon_0 r_ij}\right\}</math>
现在有很多主流计算软件包应用了AMBER力场,其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外,还有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
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计算化学分子力场Template:分子力场