中国科学院福建物质结构研究所（简称福建物构所）创建于1960年，它的前身是中国科学院福建分院筹建的技术物理所、应用化学所、电子学所、数学力所、自动化所、稀有金属所和生物物理研究室。1961年调整合并为理化研究所，1962年改名为华东物质结构研究所，1973年定名为中国科学院福建物质结构研究所。我国著名的科学家、教育家卢嘉锡院士（已故）是我所的创始人。经过几代人的努力，福建物构所逐渐成为在国内外有特色、有影响的我国结构化学和新晶体材料的重要综合研究基地之一。
福建物构所位于福州市西郊的闽江之畔，风光秀丽，气候宜人，眦邻的世界500强企业“沃尔玛山姆会员店”与所仅一街之隔。全所占地面积约150亩，大院里已形成环境园林化、生态自然化的格局，与相邻的福州江滨公园、金牛山公园相交辉映。
福建物构所现有职工304人，其中：中国科学院院士2人（吴新涛院士、洪茂椿院士）；研究员29人；副研究员、高级工程师34人。是国家硕士、博士学位授予单位，并设有博士后流动站。现有在学博士生110人、硕士生166人、博士后6人、博士生导师25人。
2004年，根据中科院提出的“以人为本，创新跨越，竞争合作，持续发展”新科技发展观的要求，对科研系统结构进行了调整，在原有三个研究室的基础上，设立了“三个研究平台”（结构化学国家重点实验室、光电材料工程技术研究中心、纳米材料重点实验室）其中包括“七个研究室”即：结构化学基础研究室、纳米材料研究室、理论计算化学研究室、晶体材料研究室、材料物理与化学研究室、激光工程研究室、应用化学研究室。
福建物构所是以基础研究为主的研究机构。主要从事新型化合物的晶体和分子结构及其与宏观性能（即化学性能、物理性能和生物活性）之间的相互关系，并重视研究其可能的潜在应用。以无机化学、金属有机化学和物理化学前沿领域的金属簇化学及新技术晶体材料为主攻方向，进行系统的基础研究和应用研究。同时适当开展生物大分子（包括金属酶）的晶体结构和分子结构研究。充分发挥结构化学、新技术晶体材料等学科领域的优势，瞄准二十一世纪科学发展优先领域中重大基础性问题，重点开展结构敏感功能、纳米材料、光电子功能材料的研究，使结构化学和材料科学连成一个有机的整体。形成从基础研究、应用基础研究、应用研究到成果转化的良性循环体系。在科研方法上，重视实验与理论、化学与物理和其它非化学学科、结构与性能、静态与动态、基础与应用的“五重双结合”，形成综合优势。建所以来，共有219项科技成果获得各类科技奖励，其中问鼎国家科技三大奖及中科院科技进步特等奖11项、中国发明专利金奖2项。“八五”以来（至2004年止），共发表科技论文2699篇，论文被sci收入和引用数一直居全国1500多个研究机构的前列。
2001年7月，福建物构所获准进入中科院第二期创新工程试点，从此这个中国科学院在闽的唯一研究所，如涅盘后的凤凰一飞冲天，各方面的工作取得骄人的成绩。2001年至2004年，福建物构所共有10项科技成果获得国家和省、部级三等奖以上奖励。其中，洪茂椿、吴新涛院士承担的“新型无机聚合物的设计合成、结构规律与性能研究”既2001年获中科院自然科学奖一等奖之后，2002年又荣获国家自然科学奖二等奖；2003年，由卢绍芳等完成的“钼（钨）硫核或纯核簇的集合、结构和性能研究”获得福建省自然科学奖一等奖。近几年来，福建物构所前沿基础研究学术成果的国际影响力显著增强，尤其是洪茂椿院士、吴新涛院士和曹荣研究员分别以无机化学前沿研究的评述性专章被收入国际学科性重要出版物、多篇论文进入esi顶级引用率以及有关论文连续入选isi“十大化学热门文献”等，在国际上产生积极影响并受到国际权威机构的赞赏。