萨迦，藏语意为“灰色土”，萨迦寺就以其地土质呈灰白色而成名。萨迦寺的建筑风格十分奇特，呈正方形，像一块魔方一般，体积约2万立方米，四周筑有围墙。寺墙很高，足有3丈四角建有碉楼，墙外还有一道人工挖的护城河，外墙粉刷成红、黑、白三色，这是西藏喇嘛教中萨迦派寺庙的特有标志。

寺内主要建筑是大经堂，高约十米，其外貌和北京的故宫极为相似，殿内有40根粗大顶柱直通殿顶，此殿共使用了157根直径超过3米的朱红色木柱，气魄十分雄伟。建筑特点具有中国、印度、尼泊尔和西藏地方的风格，并使四者融为一体，和谐适宜。