南京师大地理科学学院的历史可追溯到1919年的南京高等师范学校，当时南高师改国文部为文史地部，增设地理学科。1920年南京高等师范学校扩建为东南大学，1921年建地学系，竺可桢为创办人，任系主任。1928年东南大学经第四中山大学、江苏大学改为国立中央大学，1930年地学系分为地理系和地质系，胡焕庸任地理系主任。 1943年李旭旦接任系主任。1949年4月，南京解放后，中央大学改名为南京大学，李旭旦仍担任地理系主任直至1952年院系调整中，李旭旦偕金祖孟等同志来南京师范大学（时称南京师范学院）创办地理系。在治学思想上秉承前中大地理系和金陵女大地理系勤奋、务实、开拓、创新的学风，开始了南师大地理科学学院的创业历程。
1952年南师大（时称南京师范学院）开始招收一年制专修班和二年制专修科。1953年春江苏师范学院地理科并入。1956年建地理系，招收地理本科，同时招收两年制专科，共计8届两年制专科。1958年在校学生达 381人，为当时全院学生人数最多的系科之一。1963年起停止招生，在校学生逐年减少，1966届学生毕业后，地理系已没有学生，但建制和师资设备均未变动。1969年江苏教院地理科并入。1973年恢复招生，共招4届工农兵学员，学制3年，曾一度副修历史。1977年恢复高考后，地理专业招收四年制本科。1989年增设旅游管理专业，招收三年制的专科生，1995 年招收本科生。1993年地理系增设土地管理专业，招收两年制专科生，1999年招收本科生。 1999年创办gis本科专业并招生。
1980年区域地理专业招收硕士研究生，1981年地图与遥感专业招收硕士研究生，1986 年自然地理专业和第四纪地质等专业先后招收硕士研究生，1987年地理教学论招收硕士研究生.1994年自然地理专业招收博士研究生，1998年招收地图与gis专业博士研究生，2000年建立地理学博士后流动站并接受进站研究人员，2001年地理学所属三个二级专业全面招收博士研究生。2002年地图与gis专业，被批准为国家级重点学科。2003年新增“环境地理学”、“海洋地理学”和“第四纪地质学”3个博士点，“环境地理学”、“海洋地理学”和“旅游管理”3个硕士点。
继往开来
1 997年6月，江苏省教育委员会批准南京师范大学在原来地理系基础上组建地理科学学院，是当时国内高校第一家地理科学学院。2002年初学院组建了新的党政领导班子，由留美回国特聘教授林振山博士任院长，由原院长沙润教授任总支书记。学院建设的基本方针是：团结、稳定、充实、提高、发展。学院的发展思路是：营造宽松、和谐、向上的内部环境，以建设、培育国家重点学科为主导，以建设学术梯队为根本，以提升科研条件为基础，以产学研相结合为动力，以科学管理为保障，脚踏实地地建设一流的学科、一流的管理和一流的学院。
目前学院下设地理系、旅游系、土地管理系、地理信息系统和遥感系五个系，拥有地理学博士后流动站和地理学一级学科博士授权点。地图学与地理信息系统学科为国家级重点学科和江苏省重中之重学科，自然地理学为江苏省重点学科。学院设有7个二级学科博士学位授权点，它们是：地图学与地理信息系统、自然地理学、人文地理学、第四纪地质学、遥感技术与应用、环境地理学、海洋地理学。学院还设有9个二级学科硕士学位授权点，它们是：地图学与地理信息系统、自然地理学、人文地理学、第四纪地质学、遥感技术与应用、环境地理学、海洋地理学、旅游管理、课程与教学论。学院还设于有1个长江学者特聘教授岗位和1个省重点实验室。学院教职员106人，其中共有教授37名（博导25名）,含中科院院士2名,特聘教授6名。副教授26名。在职教师54人获得博士学位，占全体教师比例的65%。50岁以下教师100%具有硕士（以上）学位。