种皮是种子外面的保护结构，其性质、厚度随植物种类而异。有些植物种皮厚且坚硬，如松籽和瓜类植物的种子。也有些植物种皮较薄，由坚韧的果皮保护着种子，如花生、桃等的种子。有些植物的种子成熟后果皮与种皮愈合在一起，共同起着保护作用，如小麦、玉米、水稻的种子。组成种皮的几层细胞，常在种子成熟时就已死亡，这些细胞大多会有加厚的细胞壁，并有栓质化或角质化的变化。种皮的厚度与硬度可以起到增加不透水性和防止病虫害的侵入。但这也能使种子在萌发前产生吸水困难，因此有些种子在播种前必须加以处理，才能促进种子的萌发。

　　成熟种子的种皮上常常可以见到种脐，它是种子脱离果实时留下的痕迹（就是种子和珠柄相脱离的地方）。种孔是原来胚珠的珠孔留下的痕迹。观察时，可先将种子浸水吸胀，当用手挤压时，能见到有水自种孔处冒出。有的种皮上可以明显曲子到种脊，种阜，如蓖麻。棉籽的种皮上还有棉纤维。

　　有些植物种子的种皮含有色素，因此使成熟的种子具有不同颜色，如豆类作物的种子，就有红、黑、绿、黄、白等各种颜色。