爬行动物是第一批真正摆脱对水的依赖而真正征服陆地脊椎动物，可以适应各种不同的陆地生活环境。爬行动物也是统治陆地时间最长的动物，其主宰地球的中生代也是整个地球生物史上最引人注目的时代，那那个时代，爬行动物不仅是陆地上的绝对统治者，还统治者海洋和天空，地球上没有任何一类其它生物有过如此辉煌的历史。现在虽然已经不再是爬行动物的时代，大多数爬行动物的类群已经灭绝，只有少数幸存下来，但是就种类来说，爬行动物仍然是非常繁盛的一群，其种类仅次于鸟类而排在陆地脊椎动物的第二位。爬行动物现在到底有多少种很难说清，各家的统计数字可能相差千种，新的种类还在不断被鉴定出来，大体来说，爬行动物现在应该有接近8000种。由于摆脱了对水的依赖，爬行动物的分布受温度影响较大而受湿度影响较少，现存的爬行动物大多数分布于热带、亚热带地区，在温带和寒带地区则很少，只有少数种类可到达北极圈附近或分布于高山上，而在热带地区，无论湿润地区还是较干燥地区，种类都很丰富。
爬行动物传统上根据头骨上颞颥孔的数目和位置分成4大类，这种分类不一定正确反映了彼此的亲缘关系，但是使用起来比较方便，所以虽然现在新的划分方案很多，但是这种传统的分类仍然常被使用。头骨上没有颞颥孔的划分成无孔亚纲，代表爬行动物的原始类型；头骨每侧有一个下位的颞颥孔的划分为下孔亚纲，是向着哺乳动物演化的爬行动物；头骨每侧有一个上位的颞颥孔的划分为调孔亚纲，是海洋爬行动物；头骨每侧有两个颞颥孔的划分为双孔亚纲，是主干爬行动物，并演化出了鸟类。双孔亚纲又进一步划分为较原始的鳞龙下纲和进步的初龙下纲（或总目）。现存的爬行动物除了龟鳖类属于无孔亚纲，鳄类属于初龙下纲外，其余成员均属于鳞龙下纲。现存的爬行动物中龟鳖类划分成龟鳖目，鳄类划分成鳄目，而鳞龙下纲的分目有两种意见，一种意见是分成喙头目和有鳞目，有鳞目进一步划分成蜥蜴、蚓蜥和蛇三个亚目，而蜥蜴亚目和蛇亚目再各自划分成几个下目或超科，另一种意见是蜥蜴、蚓蜥和蛇各升级为一个独立的目，三者再合成一个有鳞总目，其中蜥蜴和蛇下属的下目或超科则升级为亚目。现存的爬行动物的分科也有不同意见，有些科被另一些专家划分成几个不同的科，还有些科归入哪个亚目也有争议，而这些目、科的拉丁文名称甚至各家都有不同的写法。

爬行动物分类列表

无孔亚纲Anapsida：最原始的爬行动物，出现于石炭纪晚期，现存仅存龟鳖类。
杯龙目Captorhinid：最原始的爬行动物，接近于两栖动物，其中有些原本置于杯龙类的成员现已移入两栖动物。
中龙目Mesosauria：原始的水生爬行动物，主要生活于二叠纪。
龟鳖目Testudinata：古老而特化的爬行动物，与其它爬行动物的关系尚不明确，其中有两个亚目从中生代一直延续到现代，与其祖先类型没有太大的变化。

侧颈龟亚目Pleurodira：颈部侧向折回壳内，现主要为南半球的淡水龟类，史前分布较广泛，我国有化石。
侧颈龟科Pelomedusidae：现分布于非洲和南美洲的侧颈龟类，其中一种分布到了阿拉伯半岛。

蛇颈龟科Chelidae：现分布于大洋洲和南美洲的侧颈龟类，有些种类颈部很长，我国有化石。

曲颈龟亚目Cryptodira：包括现存的大多数龟鳖类，分布广泛，陆地、淡水和海洋中均能见到。
鳄龟科Chelydridae：分布于北美洲的两种大型淡水龟，头大而嘴成钩状，性情凶猛。

平胸龟科Platysternidae：仅一种，分布于亚洲，有些类似啮龟而体型小，分类地位不定，也有人将其归入啮龟科、龟科、潮龟科或陆龟科。

龟科Emydidae：主要为新大陆的淡水龟类。

潮龟科Bataguridae：主要为旧大陆的淡水龟类，包括一些我国最常见的龟，常被并入龟科。

陆龟科Testudinidae：陆栖的龟类，分布于澳洲以外的世界各地，包括一些海岛。

泥龟科Dermatemydidae：现存仅一种，分布于中美洲，我国有很多化石。

动胸龟科Kinosternidae：分布于新大陆的淡水龟类。

鳖科Trionychidae：外表为皮肤而非角质盾片，主要分布于亚洲淡水中，非洲和北美洲也有分布，而澳洲只有化石。

两爪鳖科Carettochelyidae：外表为皮肤而非角质盾片的淡水龟类，现存仅一种，分布于新几内亚和澳洲北部，我国的化石种类无盾鳖可能属于此类。

海龟科Cheloniidae：生活于海洋中的具角质盾片的大型龟类。

棱皮龟科Dermochelyidae：生活于海洋中的不具角质盾片而为皮肤覆盖的大型龟类，现存仅一种，是现存最大的龟鳖类。

下孔亚纲Synapsida：即似哺乳爬行动物，是哺乳动物的祖先，生活于古生代晚期和中生代。
盘龙目Pelycosauria：早期的似哺乳爬行动物，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，灭绝于二叠纪。
兽孔目Therapsida：进步的似哺乳爬行动物，出现并繁盛于二叠纪，于三叠纪进化成哺乳动物，只有少数残存到三叠纪之后。其中晚期的进步类型与哺乳动物没有什么差别。

调孔亚纲Euryapsida：主要是海洋中的爬行动物，出现于三叠纪早期，是双孔类的后裔，常被并入双孔亚纲，在白垩纪晚期全部灭绝。
鳍龙目Sauropterygia：包括幻龙、蛇颈龙、盾齿龙等。
鱼龙目Ichthyosauria：高度适应海洋生活的爬行动物，体型似鱼。

双孔亚纲Diapsida鳞龙下纲Lepidosauria：较原始的主干爬行动物，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，也是现代最繁盛爬行动物，包括现存爬行动物的绝大多数成员。
始鳄目Eosuchia：早期的鳞龙类，是其它双孔类的祖先，也是生存历史最长的爬行动物，在新生代早期尚延续了一段时间，也有人将最早的和最完的类型置于新的目。

喙头目Rhynchocephalia：原始的鳞龙类，绝大多数生存于中生代，仅有楔齿蜥残存到现代，是现存最原始的爬行动物。

楔齿蜥科Sphenodontidae：现存最原始的爬行动物，仅2种，分布于新西兰及附近岛屿。

蜥蜴目Lecertifromes（Sauria）：现代爬行动物种最大的一类，多达4000余种，分布遍及世界各地，形态多样。

鬣蜥亚目Iguania：典型的成员背上有鬣鳞，略似楔齿蜥，均四肢完整，不少种类可以变换身体的颜色，并包括一些相貌最独特的蜥蜴，主要分布于热带、亚热带地区，树栖、陆栖或水栖。
美洲鬣蜥科Iguanidae：主要分布于新大陆的鬣蜥，种类繁多，最近常被分成多达8个不同的科。

鬣蜥科Agamidae：旧大陆的鬣蜥，在亚洲和大洋洲最丰富，非洲和欧洲较少，而马达加斯加岛没有分布。

避役科Chamaeleonidae：即变色龙，最独特的蜥蜴，主要分布于非洲特别是马达加斯加岛，少数分布于亚洲和欧洲南部。

壁虎亚目Gekkota：包括四肢健全的壁虎和四肢退化的鳞脚蜥等，通常眼睛比较大，眼睑不能活动。
壁虎科Gekkonidae：蜥蜴中的第二大科，遍及世界各地，包括一些人们最熟悉的爬行动物，也有人将其拆成几个不同的科。

鳞脚蜥科Pygopodidae：分布限于大洋洲，体型似蛇，无前肢，后肢退化成鳞片状。

夜蜥蜴科Xantusiidae：分类地位不定的蜥蜴，略似壁虎，但也有人将其置于石龙子亚目，分布于美洲。

双足蜥科Dibamidae：所知甚少的分类地位不定的蜥蜴，有人将其置于石龙子亚目或自成一独立的亚目，仅雄性有短的后肢，眼退化，多穴居，分布于东南亚。

石龙子亚目Scincomorpha：蜥蜴中的最大一类，多有典型的蜥蜴体型，但也有些四肢退化。
非洲蜥蜴科Cordylidae：分布于非洲大陆及马达加斯加岛的小科，有些种类有硬的鳞甲，有人将其分成环尾蜥科和板蜥科两个不同的科。

蜥蜴科Lacertian：旧大陆的陆栖蜥蜴类，以地中海地区为分布中心，也见于欧亚大陆和非洲的其它地区，最北到达北极圈附近。

美洲蜥蜴科Teiidae：新大陆的蜥蜴类，多路栖，少数水栖，有人将其进一步划分为美洲蜥蜴科和裸眼蜥科两个科。

石龙子科Scincidae：蜥蜴中的最大一科，包括蜥蜴中约1/3的种类，四肢健全或退化。分布遍及世界各地，但在亚洲南部和大洋洲种类最多，而欧洲，亚洲北部和美洲种类较少。

蛇蜥亚目Anguimorpha：现存种类不多，具有一些与蛇接近的特征，有可能是蛇类的祖先类型，有人将其与石龙子亚目合并，也有人将其进一步划分成两个亚目。蛇蜥亚目包括现存唯一有毒的蜥蜴，现存最大的蜥蜴和生活于海洋中的史前最大的蜥蜴-沧龙。
蛇蜥科Anguidae：包括新大陆的一些有足的蜥蜴和新旧大陆共有的无足蜥蜴，其中有些北美洲的无足蜥蜴有时被单列为蠕蜥科。

异蜥科Xenosauridae：包括北美洲的3种异蜥和我国的鳄蜥，二者也常列为不同的科。

毒蜥科Helodermatidae：包括北美洲的两种毒蜥，现存仅有的有毒蜥蜴。

婆罗蜥科Lanthanotidae：又称拟毒蜥科，仅以婆罗州的拟毒蜥为代表。

巨蜥科Varanidae：包括现存体型最大的蜥蜴，但也有些小型种类，主要分布于大洋洲，也见于非洲和亚洲热带地区。

蚓蜥目Amphisbaeniformes：穴居的神秘的爬行动物，以前曾并入蜥蜴类，分布于南美洲、非洲以及邻近地区，多数无足，少数有前肢，可分为1~5科，其中1/3的种仅从单一的标本得知。

蚓蜥科Amphisbaenidae：蚓蜥目最大的1科，包括蚓蜥目绝大多数成员，并可见于蚓蜥目的全部分布区，有人将所有蚓蜥并入本科，也有人将其的部分成员单分出1~2科。

短头蚓蜥科Trogonophidae：分布于非洲北部、东北部和中东地区的小科，身体横截面为三角形。

双足蚓蜥科Bipedidae：分布于墨西哥西北部，蚓蜥目唯一保留有小的前肢的成员。

蛇目Serpentiformes：数量仅次于蜥蜴的爬行动物第二大类群，其分布甚至比蜥蜴更广泛，除了各种陆地环境外，还遍及印度-太平洋的温暖海域。

盲蛇亚目Scolecophidia：穴居的小型原始蛇类，分布于世界各温暖地区。
盲蛇科Typhlopidae：盲蛇亚目种类最多、分布最广的一科，主要分布于非洲、亚洲南部和大洋洲，少数分布于中美洲。

异盾盲蛇科Anomalepidae：分布于中南美洲的小科，包括一些体型最小的蛇。

细盲蛇科Leptotyphlopidae：分布于美洲、非洲、阿拉伯和印度，体型比盲蛇纤细，包括一些体型最小的蛇。

原蛇亚目Henophidia：大中型的原始蛇类，多分布于热带地区，集中分布在亚洲南部到大洋洲一带，种类不多，有些类群分类争议较大。
蟒蛇科Boidae：包括现存最大的蛇类，但多数种类没有那样大，有后肢残余，分为蟒和蚺两大类，分布广泛。

林蚺科Tropidophiidae：分布美洲热带的中型蛇类，以往归入蟒蛇科。

岛蚺科Bolyeridae：仅分布于马斯克林群岛的中型蛇类，以往归入蟒蛇科。

筒蛇科Aniliidae：仅以南美洲的一个种为代表，中型的原始蛇类。

美洲闪鳞蛇科Loxocemidae：仅以中美洲的一个种为代表，可并入筒蛇科。

倭管蛇科Anomochilidae：以东南亚的两个种为代表，有时并入筒蛇科或针尾蛇科。

管蛇科Cylindrophiidae：分布于亚洲热带地区，有时并入筒蛇科或针尾蛇科。

针尾蛇科Uropeltidae：中型的穴居蛇类，分布于印度南部和斯里兰卡。

闪鳞蛇科Xenopeltidae：中型的陆栖蛇类，分布于南亚和东南亚。

瘰鳞蛇科Acrochordidae：分布于东南亚和大洋洲的水生蛇类，皮肤松弛，善于游泳。

新蛇亚目Caenophidia：包括现存的全部毒蛇和大多数无毒蛇
游蛇科Colubridae：爬行动物的最大一科，包括现存2/3的蛇，世界各大洲均有分布，且为除澳洲以外各地的主要蛇类，成员复杂，多数为无毒蛇，部分为后沟牙毒蛇，亚科很多，划分混乱，有时有些成员被列为独立的科。

眼镜蛇科Elapidae：前沟牙的毒蛇，分布广泛，在陆地和海洋均有分布，其中在澳洲是主要蛇类，常被分成眼镜蛇科、海蛇科和扁尾蛇科三个科。

蝰蛇科Viperidae：管牙的毒蛇，分布于澳洲以外的世界各地，常被分蝰蛇科、白头蝰科和蝮蛇科三个科。

双孔亚纲Diapsida初龙下纲Archosauria：进步的主干爬行动物，鸟类的祖先，拥有改进的运动方式和四个室的心脏，出现于三叠纪，为中生代的统治者和最引人注目的古生物，但是中生代结束后只有少数鳄目成员残存下来。
槽齿目Thecodontia：初龙下纲最原始的成员，仅生存于三叠纪，非常多样化，可能是其它各类初龙，由于过于庞杂，现常槽齿类打散分成不同的类群。

翼龙目Pterosauria：飞行的爬行动物，生存于三叠纪至白垩纪，有原始的喙嘴龙和进步的翼手龙两个亚目，包括历史上最大的飞行动物。

蜥臀目Saurischia：恐龙的两个目之一，生存于三叠纪至白垩纪，有2~3亚目，包括历史上最大的陆地植食动物和陆地肉食动物。

鸟臀目Ornithischia：恐龙的两个目之一，生存于三叠纪至白垩纪，有5个亚目，包括一些相貌比较独特的恐龙。

鳄形目Crocodylia：水栖的初龙，生存于三叠纪至现代，包括3~4个亚目，多数于中生代结束时灭绝，现存仅真鳄亚目Eusuchia的1~3个科。

鳄科Crocodylidae：现代最先进，体型最大的爬行动物，主要分布于各大洲热带水域，可分为长吻鳄、鳄和短吻鳄三个亚科，或升级为三个科。