万福寺位于福建福清市渔溪镇西北的黄檗山上。黄檗山古时以盛产黄檗木而得名。唐贞元五年（789年），莆田人正干从六祖慧能处学禅得法后回闽，路经黄檗山，爱其山川灵秀，想起师父“遇苦即止”的赠语，因悟“黄檗味苦”，便开山结茅，募缘建寺，初名“般若堂”。贞元八年（792年），又于堂之东向增辟院落，禅寺粗具规模，朝廷赐名为“建福禅寺”，俗称“黄檗寺”。大中二年（848年），希运来此出家。他后至江西百丈山参拜怀海，得传心印后又返回黄檗山。怀海传希运、希运传义玄，黄檗山成为临济宗的发源地之一。宋时宗风犹盛，绍兴年间（1131-1162年），临济宗杨歧派善果禅师从湖南沩山来此住持，达10年之久。元朝时逐渐衰微，寺几荒废。明洪武二十三年（1390年），寺僧大休得莆田周心鉴居士之助重修殿宇，香火盛极一时。嘉靖三十四年（1555年），倭寇侵扰福建沿海，寺毁于战乱中。隆庆初（1567-1568年）僧中天发愿重修，并进京奏请藏经，苦候8年未果，竟圆寂于京师。其徒孙鉴源、镜源继承遗志又进京，越六寒暑，得邑人宰相叶向高之助，朝廷乃赐藏经678函、紫袈裟三袭，同时赐额“万福禅寺”，一直沿用至今。时殿宇尚未修复，鉴源、镜源回寺后即着手修建大殿与法堂，叶向高亦捐建一座藏经阁，寺院始起衰转盛。崇祯二年（1629年）又建东西客堂，寺僧赴湖州金粟山广慧寺礼请密云圆悟为住持。崇祯六年（1633年）密云退居，费隐通容禅师继席，隐元被推为西堂。崇祯十年（1637年）隐元得传心印，住持黄檗山万福寺，他远到漳州、潮州一带募化，经过数年的辛苦经营，修建了大雄宝殿、法堂、山门、斋堂、钟鼓楼、库房、寮舍等大小30余处。同时，隐元还大力弘扬临济宗风。清顺治十一年（1654年）隐元东渡日本，由其门人慧门性沛接任住持。至清乾隆年间（1736-1795年），寺又趋衰微，僧清馥一度募化修复。1928年突遭山洪之劫，寺院损失严重。1949年又罹火灾，千年古刹毁于一炬，藏经、文物焚毁殆尽。

1957年春，虽经多方努力，仅于唐代故址修建法堂、方丈室两座，供僧众栖止，寺院全貌难以恢复。1966年，寺更濒于荒废。1982年，寺院被列为全国汉族地区佛教重点寺院。1989年4月成立了"福清黄檗山万福寺修建委员会"，由已故中国佛教协会会长赵朴初任名誉主任，已故福建佛教协会会长、厦门南普陀寺方丈妙湛老法师任主任，省级及全国级开放寺院住持（监院）任委员，着手对万福寺进行修复，国务院与省人民政府均有拨款。在十方善信的资助下，从1989年夏开始进行第一期修复工程，首先重修一座有600多平方米的法堂与新建一座160平方米的大寮。经过多年的努力，尤其是在海外华侨的资助下，黄檗山万福寺重建工程得以告竣，现山门、天王殿、钟鼓楼、大雄宝殿、法堂、禅堂、隐元纪念堂等皆轮换一新。1997年12月8日，隆重举行重建落成暨佛像开光庆典。现寺中文物尚遗石槽三口，其中宋代一口有“僧淳生为四恩三有舍，庆历五年己酉（1045年）七月造，住持沙门复其”的题刻。

黄檗名山，唐宣宗观瀑联吟之地，梁江淹至闽游咏之区，裴丞相皈依远祖断际，叶相国护藏书联。岩、洞、石、岭、溪、潭、井、泉、庵、堂、塔、院，森严罗列，自成景观。释子白衣、朝野名流，赋诗吟联，摩崖题刻，倍增方外之趣。

今盛世重明，梵宇新起，若夫达观之士，亲到黄檗峰头，豁开双眼，洞壑林峦，真文炳著，潭涧木石，觌体成章，自然得大受用。

明灵舒居士诗云：

天下两黄檗，此中山是真。碑看前代刻，僧值故乡人，一宿禅房语，经时客路尘。将行更瞻礼，十二祖师身。