妙玉是大观园里的特殊人物,她本是苏州人氏,出身城仕宦人家,因从小多病,不得已皈依佛门,带发修行。正如邢岫烟所说,妙玉“为人孤高,不合时宜”,她爱洁成癖,刘姥姥进大观园到栊翠庵喝了一口茶用过的成窑小盖钟,妙玉嫌脏就不要了。
妙玉虽自称是“槛外人”，但实际上她并未能迈出尘世的门槛儿。她的师父临寂时曾劝她留在京城，说到时候自然会有她的结果，而妙玉等来的结果却是被强人劫持受辱。这是她预言不灵呢，还是妙玉修行未到家呢？ （据高鹗之“伪”续）
妙玉出身读书仕宦之家，这使她秉承了一种雅洁之气；但她的身世又是不幸的，出家之后，父母俱亡，为睹观音遗迹和贝叶遗文，她随师从苏州到了京城。贾府为元春归省聘买尼姑，她因为“听见长安都中有观音遗迹并贝叶遗文”，被请到了大观园的栊翠庵。
贾府里与妙玉性情相投的有四人：一个是邢岫烟，一个是惜春（高鹗续书），一个是黛玉，一个是宝玉。但是这四人也并非全是与妙玉相契无间。邢岫烟幼时曾妙玉识字，妙玉与岫烟交往，多半是出于师生之谊，未必真心推重岫烟。惜春虽与妙玉有共同的语言，但惜春身上多的是烟火气，少的是灵气。妙玉与她在一起谈经论佛可以，但要进行心灵交流，妙玉恐怕还认为惜春差一截。黛玉本是一个高洁孤僻之人，可妙玉的高洁与孤僻又胜黛玉三分，以致黛玉也有了远妙玉之意；如果说宝玉对黛玉还有一种俗情的话，那么他对妙玉有都不敢有这种感情，此情即使偶一闪念，他也会视为罪过，他对妙玉有的只是一种敬重之情。这样看来，宝玉对妙玉的疏远，也是情理之中的了。正值青春芳龄的妙玉，在需要朋友的年龄周围却没有一个朋友，她独守静庵，心中孤苦可知。
但妙玉是曹雪芹珍爱的人物之一。虽然在前八十回正面出场仅两次，又是金陵十二钗中唯一一个与四大家族没有亲戚和姻缘关系的女子，但她排名第六,在“脂粉英雄”王熙凤之前。她爱读庄子的文章，自认为是畸零之人，这意味着她对政治，对权力，没有兴趣；对社会，对俗世，对名利，也都看破；她不合群，自愿在边缘生存，享受孤独。但因为她能与天、与宇宙、与自然达到和谐，她又觉得自己很有尊严，很有价值，不可轻亵，凛然莫犯。
曹雪芹在《世难容》曲中赞她：“气质美如兰，才华阜比仙。天生成孤癖人皆罕。”又说：“你道是啖肉食腥膻，视绮罗俗厌；却不知太高人愈妒，过洁世同嫌。可叹这，青灯古殿人将老；辜负了，红粉朱楼春色阑。到头来，依旧是风尘肮脏违心愿。好一似，无瑕白玉遭泥陷；又何须，王孙公子叹无缘。”
第五回判词“欲洁何曾洁”一首及《世难容》曲属妙玉。八十回中，与之相关的重要情节有以下几处：
第十七至十八回由林之孝家的口中叙出妙玉身世来历。
第四十一回“栊翠庵茶品梅花雪 怡红院劫遇母蝗虫”，贾母和刘姥姥一行人到栊翠庵品茶，妙玉给贾母泡茶的水只是“旧年蠲的雨水”，单请钗、黛饮“梯己茶”，宝玉随来。给他们用的水则是“收的梅花上的雪”。这是妙玉第一次明出。
第五十回“芦雪庵争联即景诗 暖香坞雅制春灯谜”，宝玉因芦雪庵联诗被罚去栊翠庵求取红梅，并作《访妙玉乞红梅诗》。
第六十三回“寿怡红群芳开夜宴 死金丹独艳理亲丧”，宝玉生日，收到妙玉署名“槛外人”的“遥叩芳辰”的笺帖。
第七十六回“凸碧堂品笛感凄清 凹晶馆联诗悲寂寞”中秋夜湘、黛联诗，妙玉续完。
关于妙玉的结局，靖本眉批有这样的提示，说她流落到“瓜洲渡口，……红颜固不能不屈从枯骨”。现在后四十回中有关妙玉的故事则为：第八十七回“走火入魔”，妙玉同惜春对奕，宝玉观局，又听得黛玉琴声忽变，回庵后神不守舍。第九十五回“扶乩请仙”，宝玉失玉，岫烟求妙玉扶乩寻问玉的下落。第一一二回“妙尼遭劫”，贾府被盗，众贼将妙玉劫持而去。