“嘧啶型”三螺旋或嘧啶-嘌呤-嘧啶（y·ry）型三螺旋中，第三条嘧啶链以平行于watson-crick双螺旋中嘌呤链的方向，缠绕到双螺旋的大沟上；专一性地与嘌呤链结合。例如，典型的y·ry型三螺旋t·at和c+·gc，其专一性体现在t对at，质子化的c对gc的识别。这些三螺旋的结构基本单位是三碱基体。t·at和c+·gc三螺旋的链3和链2的碱基以两个hoogsteen氢键配对，不影响链1和链2间的相互作用。

近年来的核磁共振实验表明：y·ry型三螺旋也包括三链复合物g·ta、t·cg和x·gc（x=a、g、t）。在g·ta三螺旋中，第三条g链的糖环构象采取n型，而其他的两条链上的糖环构象大部分是s型。在t·cg三螺旋中，碱基t和c之间仅以一个氢链相连。在y·ry型分子内三螺旋x·gc（x=a、g、t）中，第二条链和第三条链的碱基之间都是以一条或两条氢键相连。这些三螺旋不同于典型的t·at和c·gc三螺旋，氢键配对没有严格的限制。

自从arnott等根据低分辨率的x射线衍射得到d(t)n·d(a)n·d(t)n三螺旋模型以来，20年来一直作为研究y·ry型三螺旋的结构基础。arnott等提出的三螺旋为a型dna，糖环构象是n型（c3′-endo），一个周期含有12个核苷酸，平均碱基高度为32.6nm，有较负的x位移（-32nm）。最近这种模型受到各种实验结果的怀疑。howard等根据红外光谱以及偏端霉素a的嵌入实验（偏端霉素a只与b型不与a型dna结合）等研究结果提出了不同于arnott模型的y·ry型三螺旋结构模型。它们认为d(t)n·d(a)n·d(t)n三螺旋在结构和构象上采取b型，其糖环构象是c2′-endo（s型），3条核苷酸链都有相同的糖-磷酸主链构象。在两个反平行的t链间存在一个二重对称轴，而在arnott的模型中不含有任何对称性。d(t)n·d(a)n·d(t)n的b型三螺旋结构比a型在能量上更优越，同时raghunathan等也给出了b型三螺旋结构模型的初始坐标。分子模型和振动谱的研究表明在d(g)n·d(g)n·d(c)n和d(g)n·d(a)n·d(t)n三螺旋中，s型和n型糖环构象都存在，糖环的二面角在anti区。d(c)n链是s型，watson-crick中的d(g)n链是n型。分子动力学模似也表明yry型三螺旋与arnott的模型有较大的偏离。然而，三螺旋究竟是a型还是b型或者是两者的混合体还需要进一步实验去证实。