embl数据库的基本单位也是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成，每个字段由标识字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次标识字或特性表说明符开始，最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。条目的关键字包括id（序列名称），de（序列简单说明），ac（序列编号），sv（序列版本号），kw（与序列相关的关键词），os（序列来源的物种名），oc（序列来源的物种学名和分类学位置），rn（相关文献编号或递交序列的注册信息），ra（相关文献作者或递交序列的作者），rt（相关文献题目），rl（相关文献杂志名或递交序列的作者单位），rx（相关文献　mediline引文代码），rc（相关文献注释），rp（相关文献其他注释），cc（关于序列的注释信息），dr（相关数据库交叉引用号），fh（序列特征表起始），ft（序列特征表子项），sq（碱基种类统计数）。