总理事会（The General Council）及其附属机构

在部长大会之下是四个理事会以及两个分别负责贸易政策审查和争议解决的组织。四个理事会中最上层的是一个享有监督权的总理事会（General Council），总理事会是一种会议制度，由所有成员方代表组成。在部长会议休会期间，由全体成员代表组成的总理事会代行部长会议职能。总理事会可视情况需要随时开会，自行拟订议事规则及议程，随时召开会议以履行其解决贸易争端和审议各成员贸易政策的职责。

除了其他的工作以外，总理事会负有执行部长大会决议、通过预算和其他财政事项、在部长大会的两次会议期间执行部长大会的职能等职能。

总理事会下设三个理事会：在总理事会下分设三个分理事会：（1）货物贸易理事会（Goods Council）,负责1994年GATT和各项货物贸易协议的贯彻执行；（2）服务贸易理事会（Service Council），监督执行服务贸易总协定的贯彻执行；（3）知识产权理事会(TRIPS Council)， 监督与贸易有关的知识产权（包括冒牌货交易）协议的贯彻执行。此外，理事会下还建立若干负责处理相关事宜的专门委员会，如贸易与环境委员会、贸易与发展委员会、国际收支委员会等相对独立的机构。

总理事会下设贸易政策核查机构，它监督着各个委员会并负责起草国家政策评估报告。对美国、欧盟、日本、加拿大每两年起草一份政策评估报告，对最发达的16个国家每4年一次，对发展中国家每6年一次。

四个理事会进一步分为一些负责专门领域的委员会。其他一些组织可能会在总理事会下产生，特别是为了与贸易有关的知识产权问题。