为了落实党中央、国务院“科教兴国”战略，帮助贫困地区加快实施普及义务教育，促进当地人民群众脱贫致富，在党中央、国务院的关怀下，1995年至2000年，教育部（原国家教委）、财政部联合组织实施了第一期“国家贫困地区义务教育工程”（以下简称“工程”）。

为实施这一工程，中央财政投入39亿元，地方财政配套87亿元，共计126亿元。，一期“工程”实施范围集中在22个省、自治区、直辖市及新疆生产建设兵团的852个贫困县，其中“八七”扶贫攻坚计划确定的国家级贫困县有568个。

在各级政府的高度重视、社会各界特别是贫困地区广大人民群众的全力支持下，到2000年底，一期“工程”圆满结束，完成了各项任务，实现了规划目标。“工程”取得的主要成效有：一是加快了中西部地区“两基”进程。到一期“工程”结束，852个项目县中，有428个项目县通过了国家“两基”验收。二是极大地改善了贫困地区义务教育办学条件。通过实施“工程”，共新建项目中小学3842所，改、扩建项目中小学28478所。项目县中小学校舍面积由13000万平方米增加到18800万平方米，增加了5800万平方米；危房比率由10%左右下降到3%以下。购置课桌凳653万套，添置图书1亿多册，配备教学仪器设备近40万台套。三是教师教学水平有了较大提高。五年中，共培训中小学教师46.6万人次，培训校长7.22万人次，使项目县小学教师学历合格率达到了94%,初中教师学历合格率达到了87.7%，小学、初中校长学历全部达标。四是有力推动了中小学布局调整。通过实施“工程”，项目县学校共减少1.67万所，增加学生320万人，校均规模达到168人，生师比达到22.7：1；初中在校学生增加了153万人，校均规模达到660人，生师比达到18.2：1。校均规模的扩大，生师比的提高，使教育资源得到了更有效的利用。

到2000年底一期“工程”结束后，全国仍有522个县（旗、团场）尚未“普九”，大约覆盖人口1.24亿。在这些贫困地区实现“普九”目标，任务更艰巨。为此，党中央、国务院决定，“十五”期间继续实施第二期“工程”。中央财政投入50亿元，地方财政配套23.6亿元，共计73.6亿元。中央专款的分配向西部地区倾斜，为西部地区安排的资金占到了中央专款的90%以上。二期“工程”把校舍改造和建设继续作为重点的同时，加大了师资培训的力度，新增了免费提供教科书、配置信息技术教育设备等项目。按照规划，522个项目县共新建、改扩建中小学10663所（新建4062所、改扩建6601所），其中新建、改扩建小学6928所（新建2431所、改扩建4497所）新建、改扩建初中3735所（新建1631所、改扩建2104所）；培训中小学校长和教师约46.7万人次，添置仪器设备1.6万台套，购置课桌凳205万套，新增图书资料2300万册；向110万人次的小学和初中学生免费提供教科书；为近2万所农村中小学（小学14770所、初中4940所）配备信息技术教育和远程教育接收设备。