秘书处（The Secretariat）及总干事

WTO设立秘书处，秘书处由总干事负责，秘书处的工作人员以及他们的职责、任职条件由总干事决定。总干事及秘书处工作人员必须具有国际性质，在履行职责时不得寻求或接受任何政府或WTO之外机构的指示。各成员方亦应尊重总干事和秘书处工作的国际性质，不得影响他们履行职责。相对于总协定而言，建立了WTO之后，秘书处正式取得了合法资格，由于其地位提高、职责拓宽、作用扩大，因此，起着不断促进国际贸易的作用。在《贸易政策审议机制（TPRM）》方面，秘书处负责定期审议各国的贸易政策，如写出被审议成员的贸易报告，要求有关成员《澄清其贸易政策和实践》，甚至指出成员方应予以纠正或改进的贸易实践，敦促其做出必要的改革。秘书处有420多人，行政首脑为总干事长，其具体权力、义务、职责、任职条件及日期将由部长会议决定。总干事长的主要工作是建立秘书处，确定组织机构的设置以及WTO的近期工作。