登青寺于公元587～618年由热巴大喇嘛创建。16世纪以前，寺庙极为兴盛，属独尊苯教的自利土司势力范围。明末清初｝登青寺归顺并纳入德格土司兼法王控制。在德格土司政治、经济、宗教等扶持政策下，登青寺得以保存并有所发展。清代，登青寺长期与格鲁派更庆寺不睦，因争夺僧源和寺庙势力活动范围多次与更沙寺发生武装械斗。19世纪中叶，登青寺道更沙寺和甘孜大金寺僧兵联合袭击，僧侣被驱杀，寺庙大部分被毁。数年后，逐渐恢复寺庙和宗教活动。解放初，登青寺演变为康区规模最大、教权最高的苯波教主寺。

清代以前寺庙不设活佛，清初仿照其它教派设置活佛，并将寺庙历代大喇嘛（寺主）追封为活佛，允许活佛世袭并结婚生子i寺庙自称康区大部分寺庙均为登青寺分寺，有授苯波教徒喇嘛的教权，并有授本波名僧最高学位"众绕觉"的权力。寺庙长期设"洛扎"、"黑扎"两所苯波学校，收纳四川、青海、西藏等地的苯波僧徒留学研习，每年举行一次经学考核，年封置"众绕觉"学位10名。寺庙历代名僧辈出，对德格地区苯波教宗教文化和藏文化的发展作出了重要的影响和贡献。该寺第三十二世丹增翁加活佛所著的《地狱回忆录》，三十三世夏扎·扎西降村活佛所著的《苯教史》均为藏区影响较大的传世佳作。

登青寺与其它教派一样享有同等的经济、政治特权。按土司规定在中扎柯收纳僧侣，参与民事纠纷裁决。经营商业和高利贷，以宗教特有的形式为德格土司的政教统治服务。1950年，登青寺有僧侣300人，其中活佛1人，众绕党（堪布）1人，喇嘛11人，有科巴50户，耕地300多亩，牲畜近千头。1958年以后，废除了寺庙的封建特权。1983年一以后，登青寺在寺管会领导下开展正常的宗教活动，逐步发展自养经济。1988年，登青寺有僧侣70人，其中活佛1人，喇嘛4入自养经济收入5000余元。