2000年4月27日复旦大学与上海医科大学合并成立新复旦大学，原上海医科大学更名为复旦大学医学院。原上海医科大学研究生院更名为复旦大学研究生院医学分院。医学院的研究生教育始于1948年，至1965年共招收研究生222名，但当时未实行学位制度，没有形成规模，1966年“文革”开始，研究生教育被迫中断。1978年十一届三中全会后，原上海医科大学与全国许多重点大学一样，研究生教育得以恢复并迅速发展。原上海医科大学是国务院学位委员会批准的第一批博士和硕士学位授予单位，经国家批准于1985年1月25日建立了研究生院，是首批建立研究生院的22所重点高校之一，现已形成“学士—硕士—博士”学位授权体系，本科生教育、研究生教育成为学校的两大教育支柱。医学院现拥有44个硕士学位授权点、30个博士学位授权点，其中有13个国家重点学科、10个卫生部临床重点学科、7个上海市教委重点学科、1个国家重点实验室、6个卫生部重点实验室、8个上海市医学领先专业、7个博士后流动站以及1个国家理科基础科学和教学人才培养基地。这些学科同时分布在七个学院、七所附属医院和22所研究所内。经国务院学位委员会批准，原上海医科大学在学位与研究生教育方面获得多方面办学自主权：自行审批硕士点、自行审批增列博士生导师、接受推荐免试生、优秀在职人员单独考试、接受在职人员以研究生同等学力申请硕士、博士学位等。医学院不断深化研究生教育改革，将研究生教育质量作为研究生教育改革和发展的生命线。经过23年的建设，复旦大学医学院（原上海医科大学）已成为我国培养医药卫生高层次人才的重要基地之一。

医学院被首批列入“211工程”国家整体建设规划，并素以师资力量雄厚、治学严谨著称，拥有一批学术造诣深、教书育人的导师队伍，其中中科院院士陈中伟、沈自尹、工程院院士汤钊猷、陈灏珠、顾玉东、闻玉梅是他们中的典型代表。在导师的培养下，为国家输送了大批医药卫生高层次人才。截止到2000年7月，已毕业硕士生2396名，博士生958名，他们中的绝大多数已成为用人单位的学术骨干，有的已成长为学科带头人，有的还走上了各级领导岗位。医学院雄厚的实力，良好的学术环境，各学科间交叉与协作，以及广泛的国际交流合作，为持续、稳定、高质量地培养研究生奠定了基础。目前医学院有在岗硕士生导师395名、在岗博士生导师200名；在校硕士生884人、博士生567人。医学院接受来自东南亚、非洲等10多个国家的留学研究生、港澳台地区的研究生和来自国内外的博士后研究人员。

复旦大学研究生院医学分院共有管理干部17名。现任研究生院医学分院院长由复旦大学副校长、复旦大学医学院院长王卫平教授兼任。