中共十一届三中全会以后，随着宗教信仰自由政策的贯彻和落实，在佛教信众的强烈呼吁下，在乌鲁木齐市政府的关心下，清泉寺的修建工作被正式提上了历史日程。1988年乌鲁木齐市政府在风景秀丽的水磨沟公园清泉山划出一块空地，并拨款23万元由当时的乌鲁木齐市佛教协会组织佛教信众开始修建。经过十几年的 建设发展，清泉寺形成了以大雄宝殿、山门、观音殿、地藏殿、天王殿、左右厢房为格局的传统汉传佛教寺院。2000年8月，经由乌鲁木齐市民宗委和西安市民宗委的协调下，从陕西省西安市著名的寺院唐代著名的佛经翻译家玄奘法师从事佛经翻译并开创佛教唯识宗的唯识慈恩宗祖庭‘大慈恩寺’，迎请了以寂仁法师为首的僧团正式入住清泉寺，自此清泉寺揭开了中兴的历史新篇章。自2000年僧团入住后，通过各种如法丰富的弘法活动，清泉寺逐步成为一个面向社会、面向大众的佛教文化传播窗口。2002年4月29日，淸泉寺佛陀慈善基金会正式成立。它的成立标志着清泉寺的佛教文化事业又上了一个新台阶，更展现了清泉寺走宗教与社会主义社会相适应道路的正确理念。2002年4月，韩国佛教天台宗总务院田云德来到清泉寺，当他在遥远的西域新疆看到清泉寺和寺院的的僧人时，激动的说：“在我的印象中新疆的佛教已经成为了遗址，没想到在这里还能见到这么雄伟的寺院和这么如法的僧团”清泉寺在正式成为佛教活动场所以来，每年都要接待来自日本、韩国、中亚诸国和台湾、香港等地区的佛教人士，同他们建立起深厚的友谊。已经开始担当起新疆佛教对外进行文化交往的新使命。清泉寺在寂仁法师的带领下，在短短的几年时间内先后创办了‘淸泉寺佛陀慈善基金会’、‘佛教文化传播网站’、‘西域佛学文化研究室’等机构方式。寺院每年固定的大型法会、佛学讲座等活动大大满足了信众的要求，寺院管理的正规和法事的隆重在新疆广大信众中产生了广泛的影响。清泉寺每年例行举办的法会有二月十九观音祈福法会、四月初八浴佛传灯法会、六月十九‘观音七’千佛祈福法会、七月十五报恩法会等。每次法会都是海众云集。如今的清泉寺暮鼓晨钟、梵音高扬、道风淳正、修学并重，在乌鲁木齐市乃至新疆佛教对外交往地位上的巨大价值日益显著。