异源蛋白质在细菌中表达是目前使用的主要的蛋白生产系统。大肠杆菌一直是最经济的系统之一。然而为了生产需要特异修饰、胞外分泌或有特异折叠需要的蛋白质，其他表达系统也是需要的。真核细胞在表达原核来源的基因、真核基因的cdna拷贝或其他无内含子的基因时可能表现很多特异问题。富含at的基因在很多真核细胞中表达时会遭遇很剧烈的障碍。主要的真核信号序列如 加poly-a的位点、酵母转录终止位点和真核mrna去稳定序列都是富含at的。内含子序列也趋向于富含at，尽管他们有参与剪切过程的很特异的识别序列。虽然绝大多数原核基因没有剪切或聚腺苷过程，但这些真核过程需要的保守序列可能存在于原核基因中，因此当这些基因在真核细胞中表达时可能引起特异的问题。而且诸如哺乳动物和单子叶植物细胞的特异真核表达系统可能不能有效地表达无内含子的基因。

真核mrna在离开细胞核进而在胞浆的核糖体上被翻译前需要特异的处理和修饰。这些过程包括去除内含子、5'端甲基化帽子形成和3'端加poly-a。内含子去除需要5'剪切位点、g75/g100u100a65ag65u保守序列、3'剪切位点、富含密啶nc66a100g100/g56保守序列和c72t98r77a100y75保守序列。有效的加poly-a和mrna剪切需要一个由两个部分组成的信号：加poly-a保守序列aauaaa和在切割位点内的50个碱基的富含gt的序列。酵母真核转录终止序列（几个不同的富含at序列,如含tttttata，tatata，tacata，tagtagta的一个38bp区域）被研究的最清楚。这些结果来自对酵母突变体cyci mrna的mrna水平和相对长度的确定的实验。近期用in vivo质粒稳定性分析的研究结果证明：tatata似乎和原始的38bp野生型区域一样有效地终止转录，而tagatatatatgtaa和tacata效率差些，tttttttata几乎没有效率。所有这些序列在反方向时没有终止转录功能。不幸的是几乎没有其他真核表达系统转录终止序列方面的信息。

内含子对几个哺乳动物基因的正常表达是必需的，包括beta-球蛋白、sv40 late mrna和二氢叶酸还原酶基因。单子叶植物细胞充分表达乙醇脱氢酶的cdna拷贝、报告基因氯霉素乙酰转移酶、beta葡萄糖苷酸酶和其他缺乏内含子的基因时也依赖内含子。转录区域内引入内含子可以通过未确定的转录后机制增强表达。（免疫球蛋白基因）内含子可能也包含转录增强子，因此通过转录机制增强表达。