根据第三条链的来源，三链又可分为分子内和分子间两大类：分子内的三链dna是由一条链通过自身回折形成的，分子间的又分为两种： ①由一条单链与发夹结构或环状单链所形成，②由一条单链与线状双链形成。但不论何种结构，三链中两条化学同源的链（pu与pu，py与py）都是反平行的定位。

分子间三链dna由单链与发夹结构所形成的三链按形成发夹的序列又分为两种类型：①经典的发夹结构，形成发夹的两部分在序列上互补，相互间可形成watson-crick键，其中一部分再与第三条链作用形成三链。②另一种形式的发夹由呈镜像重复的单一嘌呤或嘧啶形成，发夹的两部分不成键或成hoogsteen键，再与第三条链作用形成三链。此外，环状单链也可与另一条链作用形成三链，其结构与上述结构类似，只是用环状单链取代了发夹。由单链与线性双链所形成的三链，结构比较常见。

三链核酸每条链都由单一的嘌呤或嘧啶束道所组成，所以只要碱基匹配就可形成三链，而对于链中同时含有嘌呤和嘧啶束道的分子，其要形成三链则必须涉及到链的极性转换。如图中所示，这类分子称为链转换三链（alternate-strand triplex），它对于拓展可形成三链的碱基序列具有重要意义，对于任意的序列，只要其每个相邻的4~8个碱基为寡聚嘌呤或寡聚嘧啶序列，它就可通过极性转换而与相应的靶序列形成三链，但这种三链的形成效率随体系不同变化很大，如在第三条链上沿3′—pu—py—5′方向转换要比沿3′—py—pu—5′方向易于进行。