日本防卫研究所不仅培训日军中、高级军官、内阁官员，还进行安全保障理论、防卫政策、军事战略思想、国际关系、外军情况等方面研究，编辑出版了大量战史著作。还邀请外国学者参加研究。美国、中国、德国、新西兰等国研究人员曾到该所客座研究。

日本防卫研究所是日本军队最高军事科学研究和教育机构。该所成立于1952年8月，时称保安研修所。1954年7月改称防卫研修所。1985年4月改为防卫研究所。直属于日本防卫厅。该所驻地在东京目墨区的慧比寺。

日本防卫研究所2000年编有179人，其中高级研究人员80余人，陆、海、空三军自卫队军官35人。所长为文职，其职位相当于中将。防卫研究所下设教育部、第1和第2研究所、战史部、总务课 (处)、图书馆等机构。

日本防卫研究所的一项重要任务是培训中、高级军官、文职官员和内阁其他省厅的官员。教学任务由教育部负责具体实施，下设普通班和高级班。 1、普通班，主要培训自卫队上校、中校级军官和中级文职人员。每期招收38人，其中，陆、海、空三自卫队人员20名，防卫厅内部部局、防卫设施厅及其他省(部)厅文职人员18名。教育时间为44周，每期自9月开始，翌年7月结束。其中，军事基础和科学技术科目约6周，国际形势科目约10周，国内问题科目约10周，军事科目约8周，国际政策科目约4周，现地研修、个人研究、体育等科目约6周。普通班课程以综合性军事基础知识为重点，注重提高学员思考能力和判断能力。2、高级班，主要培训陆、海、空三自卫队少将以上军官和防卫厅内部部局、防卫设施厅及其他省(部)厅课(处)以上文官。每期 40人。教育时间约2周，课程设置以学员掌握有关日本安全保障的综合性知识为重点。主要研修内容包括世界形势、日本的安全保障、防卫现状等。防卫研究所在教学方法上摈弃注入式教学方法，注重培养学员自发的富有创造性的学习态度，实施灵活的讨论、共同研究、课题研究、现地调研等方式。在现地调研方面，学员既可以在国内对陆、海、空三军自卫队、防卫厅技术研究本部的研究所和国防专业设施进行参观、见学，又可以到国外对美国和亚洲各国的国防部、国防大学、各军事基地、军工产业进行访问。教育部每年还招收数名外国军人和文职人员入学。

日本防卫研究所研究部的任务是"从理论上解决军队管理及运用方面的问题"。目的是为国家制定有关措施以及为本所的教育训练提供理论依据。第1研究部下设5个研究室：第1研究室研究安全保障理论及政策；第2研究室研究与防卫相关的政策、法制等；第3研究室研究与防卫相关的社会、思想等问题(意识形态)；第4研究室研究国防经济、国防工业等；第5研究室研究军事战略理论、军队编制体制和军队建设。第2研究部(系1984年7月1日由原来研究部的第5研究室扩编的)主要研究国际关系和外国军队情况。下设两个研究室，第1研究室研究方向为西欧、美国；第2研究室研究方向为东欧、俄罗斯及其他。

日本防卫研究所战史部的任务是调查研究战史和编辑出版战史书籍。下设2个研究室：第1战史研究室研究国防政策史；第2战史研究室研究战役战斗史和用兵思想史等。自1956年起，该部着手编辑太平洋战争史，1966年开始出书，1980年出齐102卷。战史部在继续研究日本参加过的战争的同时，加强了对外国战争史特别是第二次世界大战后的局部战争史的研究。

研究部和战史部采用个人研究、集体研究两种方法进行研究。个人研究，即研究员自选课题进行研究；集体研究，即以研究室为单位或临时组成研究组，就某些课题进行综合研究，有时还邀请外部学者甚至外国学者参加，以充实研究内容。防卫研究所曾邀请美国、中国、德国和新西兰等国研究人员来所客座研究。还接待了巴基斯坦、美国、泰国、英国、韩国、印尼等国的军事院校或研究机构的代表团或研修团。

日本防卫研究所总务课(处)负责公章、文件、人事、工资、福利、经费等行政管理工作。

图书馆负责图书资料的收集、借阅、保管工作。该图书馆藏书甚丰，国防理论及战史专著约有93000册，教材及战史史料等有146000册，国内外军事杂志约300种。收藏有自日本明治维新至第二次世界大战结束期间日本陆军和海军的军事图书和档案资料，包括各种作战命令、电报、参谋作战日志、军用地图和军事图书等实物。据统计，该馆共存有日本陆军档案资料81000余卷，日本海军档案资料31200余卷。据该馆馆长介绍，1998年日本和国外就有4300多人到该馆查阅和研究这些历史档案和资料。