中国科学院地理科学与资源研究所于1999年9月经中国科学院批准，由中国科学院地理研究所（前身是1940年成立的中国地理研究所）和自然资源综合考察委员会（1956年成立）整合而成，纳入中国科学院知识创新工程试点。

半个多世纪以来，中国科学院地理科学与资源研究所及其前身-中国科学院地理研究所与自然资源综合考察委员会，为中国地理科学与资源科学的发展做出了开拓性的贡献。在区域、国家和全球尺度上，围绕社会经济发展目标，在自然资源合理利用、生态环境保护、国土综合整治、区域可持续发展、资源与环境信息系统等重要领域，取得了一批国家级重大科研成果。在上述重大科学问题和国家需求方面做出了社会公认的、不可替代的贡献，研究成果代表了我国地理科学与资源科学发展的方向与水平。

地理科学与资源研究所现有职工520人，其中科技人员358人，研究员112人、副研究员和其他高级专业技术人员153人，进入知识创新工程274人。陈述彭、吴传均、孙鸿烈、阳含熙、刘昌明、郑度、陆大道7位中国科学院院士和石玉林、李文华、孙九林3位中国工程院院士在该所工作。

地理科学与资源研究所设地理学和生态学博士后流动站，是地理学一级学科与生态学、环境科学和农业经济管理三个二级学科博士学位培养点，以及自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、生态学、气象学、环境科学和农业经济管理硕士学位培养点。目前共有研究生导师109人，其中博士生导师67人，硕士生导师42人；在学研究生504人，其中博士生350人，硕士研究生154人，另有博士后73人。连续多次被中国科学院评为博士生重点培养基地，在2003年全国学位与研究生教育评估所一级学科整体水平评估中，研究所地理学一级学科名列全国第二，其中科学研究方面名列全国第一。

地理科学与资源研究所的知识创新目标和战略定位为：

通过对陆地表层系统中物质流、能量流、人流和信息流的综合分析，研究在自然和人类活动共同影响下陆地表层系统中物质与能量的空间分布格局、迁移转化规律与形成演化机理，及其与人口、资源、环境、区域发展间的相互作用机制；揭示地球表层系统和人地系统动态机制及各组成要素间相互作用机理；发展以地球信息科学与技术为基础的陆地表层系统与人地系统综合集成研究方法。创新和发展地理科学、资源科学和地球信息科学。

与此同时，在地理科学与资源科学基础理论和方法论的支持下，以人口、资源、环境和经济协调发展为目标，瞄准国家资源环境安全、生态建设和区域可持续发展等重大国家需求，在资源持续利用、环境整治、区域可持续发展、生态系统优化管理、地球信息与数据集成及信息共享等领域，开展综合性的基础与应用研究，重点解决国家在可持续发展战略实施过程中面临的相关重大问题，为政府决策提供科学依据。

通过实施知识创新工程，努力把研究所建成为国家地理科学、资源科学和地球信息科学的重要创新基地；国家资源、环境与可持续发展领域战略咨询与科学决策的信息库、知识库、思想库；国家地理科学、资源科学和地球信息科学创新人才的培养基地；国家全民地理知识普及的核心基地；国际一流的地理、资源与地球信息科学综合研究机构。

根据知识创新目标，地理科学与资源研究所确立了“两个长期科学计划，六个学科方向”的学科发展格局。两个长期科学计划包括“土地利用/土地覆被变化与陆地表层生命物质过程研究”和“人地关系地域系统与中国区域发展”；六个学科方向为：陆地表层系统研究、人地关系地域系统研究、生态网络研究、地球信息科学研究、资源科学研究、农业政策研究。