菏泽是中国的牡丹之乡，也是世界面积最大、品种最多的牡丹生产基地、科研基地和观赏基地。全区现有牡丹栽培面积3万余亩，9大色系，600多个品种，行销北京、天津、上海、深圳、青岛等100多个大中城市，出口日本、法国、美国、加拿大等20多个国家和地区。菏泽牡丹花大色艳味香，谷雨时节，万亩牡丹竞相开放，香飘十里，艳照天际，堪称东方奇观。历届牡丹花会，均引来大批中外宾客。
菏泽牡丹景区较为著名的牡丹园有曹州牡丹园、曹州百花园和古今园。三园各有特色，南北呼应，相映成趣。
曹州牡丹园 该园建于1982年，位于菏泽城东北济（南）兰（考）公路东侧，总面积1100多亩，由赵楼、李集、何楼、毛胡同4个自然村原有的几个牡丹园连接而成。牡丹品种600多个，是世界上品种最多、面积最大的牡丹园，是全国牡丹观赏旅游和生产、科研的中心。
曹州牡丹园建有南、北两座仿明代牌楼大门，在“凤凰戏牡丹”的彩色图案下，横置着原中国书法家协会主席舒同题写的“曹州牡丹园”五个镏金大字。
花园分3个观赏区，南大门以内为南观赏区。观花楼是该区主体建筑，登楼远望，千亩花海尽收眼底。楼上展室内有中国牡丹文化展，使游客在观赏千姿百态的牡丹之余，进一步了解中国牡丹灿烂的历史文化。观花楼前有“曹州牡丹甲天下”和“天下第一香”碑刻，分别由舒同和溥杰题写；还有汉白玉雕刻的牡丹仙子、葛巾玉版、天女散花等；松编鸟兽、人物、牌坊立于道旁，环境清幽。北大门以内为北观赏区。这里除大面积的牡丹及其它花木外，又有天香阁、西游记宫、花神殿、玉皇殿等景点和娱乐场所。区中心有一座座垂柳掩映的花亭，供人小憩，细细领略园内风光。亭东南，是东观赏区，以何楼、毛胡同两村的花园为基础扩建而成，这里除了各色名品牡丹外，还可以欣赏日本樱花。
每年牡丹盛开季节，中外游人慕名而来，络绎不绝，年游客量近200万人次。
曹州百花园 位于花园路西，始建于明朝禧宗时。由当时官居工部尚书的曹州人何应瑞投资所建，人称何尚书花园。后为洪庙村郝家所买，故又名郝家花园。
建国初期，洪庙村花农在此种植牡丹、芍药，逐步连片成方。1958年在此基础上建成洪庙花园。1982年政府拨款重建，名为百花园。1990年，国家拨出大宗资金，由南京园林设计院规划，进行扩建。1993年第一期工程竣工，改名为曹州百花园。
该园占地100亩，植牡丹12万株，560多个品种；芍药6万株，270多个品种。园内花色齐全，分布合理，便于观赏。尤以培育珍贵品种而驰名。牡丹新品种赛雪塔、春红娇艳、银红球、百园粉等，都具有很高的观赏价值，曾获中国第一、二、三届花卉博览会新品种繁育奖。1989年，百花园与日本大阪改良园进行了牡丹、芍药品种交流，引进日本金玉、金阁、花王、太阳、日幕等26个优良牡丹品种和28个芍药品种。 古今园 位于曹州牡丹园西南侧，在菏泽城北5里王梨庄，是距城最近的花园。其前身是明代的“万花村花园”，主植牡丹、芍药。
民国初年，花园被曹州府的张培荣据为己有，改名军门花园。解放后，该园牡丹栽培面积年年扩大，花色品种不断增多。
1982年，政府拨款重修该园，并名为“古今园”。以后又多次拨款扩建。该园民族形式的大门，古朴典雅；白色的花园围墙，颇具古代园林风格；拱桥流水，假山喷泉，相映成趣。园内面积50亩，种植牡丹优良品种300多个，另有芍药、腊梅、黄刺梅、迎春、月季、玫瑰、丁香、海棠等奇花异木几十种。培育200余年的松编牌坊——孜诵坊，壮观优美，堪称一绝；松编狮、虎，惟妙惟肖；200多年的龙头槐盘根错节；100多年的翠兰松，如雾似烟；200多年的线柏，江北独一无二；金丝吊蝴蝶树，春末花开，秋季花托成为蝴蝶状，如万条金丝垂吊着一只只蝴蝶，奇异无比。