位于日本九州岛西北岸的佐世保港，属长崎县，四周被山环绕，进口航道的西面又有五岛列岛作为屏障，是一个天然良港。它北靠佐世保市，由九州岛的西彼杌半岛和针尾岛围成，呈一个不规则的“y”型。港区的唯一进口航道（水深23－54米）位于西南，航道南侧是检疫锚地（水深15－35米），进口的港界为高后崎和寄船崎的连线。内港在西北端，端头是佐世保市的立神港区，由北向南顺次为1区和2区（水深10－14米，由美国海军控制，禁止商船抛锚）；3区位于港区的东北和中间（惠美须湾），为商船锚地，水深10－37米，可容纳万吨轮10余艘；白崎和崎岬连线以东高岛附近为指定装载危险货物船锚地。港口的南界是猪之首岬和口木崎的连线，东北界是尼乌浦和早岐海峡西端一点的连线。港内适航水域达30多平方公里，属半日潮港，涨潮流为东北向，速度0。3节，落潮流为西南向，速度0。5节。进口航道内的落潮流速1。3节，航道港界外可达2节；涨潮流最大达1。5节。整个港区全年多北风，夏季多南风，冬季盛行北风。进港助航标志有，御神鸟灯桩、帆上濑灯桩、大濑灯桩、大立岛灯桩、小立岛、御床岛灯桩、高后崎灯塔、白濑灯桩、大岛岳高山峰（100米）和百合岳高山峰（185米）等。

佑世保海军基地既是日本传统的造船基地之一，也曾经是日本旧海军的军港之一，1905年日俄战争中联合舰队就诞生于此。这是因为，该基地处于朝鲜海峡（对马海峡）的南端东侧，地理位置十分重要，当年日本之所以能在对马海峡的战斗中取得辉煌胜利，佐世保基地良好的地理条件和由此产生的作用是一个不可忽视的决定因素。该基地水面积达4千多万平方米，可泊舰船90多艘，有船厂5个、船坞4麻，能修理和建造大型舰船。二次世界大战后，该军港连同周围的军事设施一起被美军接管，成为美国海军驻外基地之一。最盛时，该港的1号、2号船坞，大型系船码头的82％，水域面积的85％为美军专用。

越南战争以后，美国曾一度轻视了佐世保的战略地位，于1975年5月，宣布今后将缩小佐世保海军基地的规模，基本上作为弹药基地使用，不再是海军舰艇的母港，由此，1977年仅有35艘次美海军舰船在该基地停泊过，是二次大战后数量最少的一年。其原因，是当时协际局势日趋缓和；二是作为扼守海峡的天然桥头堡，与朝鲜半岛也就一水之隔，距离太近（喷气战斗机从北朝鲜起飞，只需飞行十几分钟），对空防御弱点显得尤为突出；三是在舰船修理技术水平方面，虽然也是日本传统的造船基地，但较之横须贺，还是略为逊色。所以，除了油库、弹药库和基地部队的一部分外，约有360万平方米的设施（包括船厂的1号船坞），归还给了日本。

80年代以来，随着美国对西太平洋地区的更加重视，又提出“远东第二战线”理论。针对这一理论，佐世保基地又被重新评价，认为：佐世保比横须贺更靠近印度洋和南中国海，地处海参崴至金兰湾海上交通线的中间位置，基地在燃油、弹药贮藏等方面的设施也要比横须贺完备得多。这样，于1980年7月恢复了基地司令部。当年，就有200多艘次美国海军舰艇进入佐世保基地停泊。在此之后的一段时间内，美海军的航母和核潜艇也经常出没于此，欲通过航母搭载的航空兵和用核潜艇及水面舰艇搭载的巡航导弹加强“第二战线”的作战能力，以实现“远东第二战线”理论。目前常驻佐世保基地的美海军舰艇及数量有：潜艇3－4艘（活动海域主要在对马海峡），两栖攻击舰、两栖货船、坦克登陆舰各1艘；人员也由战后最少时期1976年的600名，猛增到2500名，而且从1987年7月起常驻的美海军陆战队队员也增加了100－150名。

现在，美国佐世保海军基地，仅司令部所在地平濑一带的油库码头的占地面积约为60万平方米，如果包括贮油设施和弹药库占地面积达400万平方米。另外，港湾80％的水域定为“限航水域”。