悬雍垂咽软腭成形术治疗睡眠呼吸暂停综合征失败的原因，通常有以下几种情况：

●睡眠呼吸暂停综合的病因复杂，发病的机制不明。引起睡眠呼吸暂停的原因既有上呼吸道解剖狭窄的问题，也有大脑呼吸中枢控制的功能的缺陷及咽部肌肉张力降低等因素。手术只能解除部分解剖狭窄，而对引起上气道塌陷的功能性因素难以奏效。
●咽气道由鼻咽、口咽、喉咽部组成、睡眠呼吸暂停的发生可以是其中任何一部位或几个部位同时陷闭所致。而悬雍垂咽软腭成形术只能解决口咽周围的软腭、悬雍垂等软组织所致的呼吸道阻塞，对喉咽部的陷闭无能为力。
●除了咽气道周围的软组织可以使上气道狭窄、塌陷而出现睡眠呼吸暂停综合征外，上气道周围的骨性结构异常，如小颌畸形、下颌后缩、短颈、舌骨下移等，均可使上气道明显缩小，特别是舌体肥大者，睡眠时舌根易后坠，堵塞上气道而发生呼吸暂停，这些都是悬雍垂咽软腭形太术所不能解决的。
●有些患者的睡眠呼吸暂停十分严重，睡眠呼吸暂停次数多，持续时间长，手术治疗效果也不太好。例如，每小时的呼吸紊乱的次数在40次以上的睡眠呼吸暂停综合征患者，悬雍垂咽软腭成形术的治疗效果就不好。
●悬雍垂咽软腭成形术只对部分阻塞型睡眠呼吸暂停综合征的患者有效，如果患者是以中枢型、混合型睡眠呼吸暂停或睡眠低通气为主，手术效果不理想。
●肥胖是决定悬雍垂咽软腭成形术成功与否是一个重要因素。颈部肥胖可加重上呼吸道的阻塞，我们曾经有数十例肥胖的睡眠呼吸暂停综合征患者，通过咽喉镜检查发现咽喉气道壁的软组织皱褶明显增厚，脂肪沉积增加，清醒状态下即可见气道狭窄十分明显。这种情况下，悬雍垂咽软腭成形术难以奏效。
●悬雍垂咽软腭成形术后数周复查显示，手术成功的睡眠呼吸暂停综合征患者，将来仍有可能出现睡眠呼吸暂停次数增加。术后的体重增加、老年怀机能退化、长期饮酒都与手术的效果不能长期维持有关。手术后形成的瘢痕收缩致呼吸道狭窄也是手术失败的原因之一。所以，在悬雍垂咽软腭成形术后，仍需要严密注意睡眠呼吸暂停综合征患者病情的变化。