1954年出生于兵库县，曾就读东洋大学文学部哲学科但却中途退学，因大学二年级时期于同人志上发表的《夜是静悄悄的黑暗》而被中井英夫所赏识及推荐，并于仍是在学期间的1977年开始在"幻影城"连载推理长篇《匣中的失乐》，这部作品不但获得第三十二届日本推理作家协会赏的候补，更被列入为日本四大推理奇书之一。

竹本健治其后的作品如《ouroboros之伪书》(ouroboros=传说中将尾巴含入嘴中的蛇)、《狂之壁、狂之窗》及《封闭的箱》等也多以奇诡或恐怖见称。虽然他出道的时间比新本格的掌旗人岛田庄司还要早，但由于部份作品的风格与后期的新本格有相似之处，再加上两者的年份相距也不远，因此也有评论家把他列入新本格作家的名单内。另外，竹本健治也有创作以围棋、将棋和纸牌为题材的三部游戏系列推理小说，及以围棋为题材的漫画《入神》。