1)  Y-DNA
Y-DNA
补充资料:“嘧啶型”三螺旋dna

“嘧啶型”三螺旋或嘧啶-嘌呤-嘧啶(y·ry)型三螺旋中,第三条嘧啶链以平行于watson-crick双螺旋中嘌呤链的方向,缠绕到双螺旋的大沟上;专一性地与嘌呤链结合。例如,典型的y·ry型三螺旋t·at和c+·gc,其专一性体现在t对at,质子化的c对gc的识别。这些三螺旋的结构基本单位是三碱基体。t·at和c+·gc三螺旋的链3和链2的碱基以两个hoogsteen氢键配对,不影响链1和链2间的相互作用。

近年来的核磁共振实验表明:y·ry型三螺旋也包括三链复合物g·ta、t·cg和x·gc(x=a、g、t)。在g·ta三螺旋中,第三条g链的糖环构象采取n型,而其他的两条链上的糖环构象大部分是s型。在t·cg三螺旋中,碱基t和c之间仅以一个氢链相连。在y·ry型分子内三螺旋x·gc(x=a、g、t)中,第二条链和第三条链的碱基之间都是以一条或两条氢键相连。这些三螺旋不同于典型的t·at和c·gc三螺旋,氢键配对没有严格的限制。

自从arnott等根据低分辨率的x射线衍射得到d(t)n·d(a)n·d(t)n三螺旋模型以来,20年来一直作为研究y·ry型三螺旋的结构基础。arnott等提出的三螺旋为a型dna,糖环构象是n型(c3′-endo),一个周期含有12个核苷酸,平均碱基高度为32.6nm,有较负的x位移(-32nm)。最近这种模型受到各种实验结果的怀疑。howard等根据红外光谱以及偏端霉素a的嵌入实验(偏端霉素a只与b型不与a型dna结合)等研究结果提出了不同于arnott模型的y·ry型三螺旋结构模型。它们认为d(t)n·d(a)n·d(t)n三螺旋在结构和构象上采取b型,其糖环构象是c2′-endo(s型),3条核苷酸链都有相同的糖-磷酸主链构象。在两个反平行的t链间存在一个二重对称轴,而在arnott的模型中不含有任何对称性。d(t)n·d(a)n·d(t)n的b型三螺旋结构比a型在能量上更优越,同时raghunathan等也给出了b型三螺旋结构模型的初始坐标。分子模型和振动谱的研究表明在d(g)n·d(g)n·d(c)n和d(g)n·d(a)n·d(t)n三螺旋中,s型和n型糖环构象都存在,糖环的二面角在anti区。d(c)n链是s型,watson-crick中的d(g)n链是n型。分子动力学模似也表明yry型三螺旋与arnott的模型有较大的偏离。然而,三螺旋究竟是a型还是b型或者是两者的混合体还需要进一步实验去证实。

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