1、部长级会议。部长级会议是WTO的最高决策机构，由所有参加方的代表（外贸部长）组成，它有权对多边贸易协议的事项作出决定。部长级会议每两年召开一次。在部长级会议和常务理事会上，以多数票表决通过，并且每一参加方都有一票的投票权。欧盟投票时，其票数与欧盟参加WTO的成员方票数相同。部长级会议和常务理事会对建立WTO的协议和多边贸易协议有绝对的解释权，成员方四分之三多数通过也可作出解释。

2、常务理事会。由所有参加方代表组成，在部长级会议休会期间行使部长级会议的职能以及《建立世界贸易组织协议》授予的职能，如可以解决争端、审议各国贸易政策等等。常务理事会在适当时召开会议。常务理事会下设两个机构。

（1）单项理事会。成员从所有参加方代表中产生，它在常务理事会的领导下协助常务理事会工作，分别负责各相关协议的执行监督。目前的单项理事会有：货物贸易理事会、服务贸易理事会、与贸易相关的知识产权理事会。

（2）单项贸易下的工作组。负责各单项贸易协议赋予的职能，并向常务理事会报告工作。

3、各委员会。成员从所有参加方代表中产生，是部长级会议下的机构，行使WTO有关法律文件授予的职权。

4、秘书处。秘书处设在日内瓦，约有500名雇员，会费由成员方按其占WTO总贸易额的百分比分摊。秘书处有一个总干事办公室和24个部门司。秘书处由总干事领导。总干事由部长级会议任命，每届任期四年。总干事和秘书处根据部长级会议的规定行使职权。秘书处的工作职责是：为WTO的代表机构（理事会、委员会、工作组和谈判组）进行谈判和执行协议提供行政和技术支持；为发展中国家特别是最不发达国家提供技术援助；组织经济学家和统计学家对贸易实绩进行分析；在涉及WTO规则与先例解释的贸易争端中提供法律援助；从技术上处理新成员的加入谈判，为准备加入的国家提供咨询。（陈嘉珉/2007）