植物分类学的起源可追溯到人类接触植物的原始社会。现代植物分类学者常根据人类认识植物的水平， 根据人类认识植物的发展以及建立了什么样的分类系统而将分类学历史划分为若干阶段和时期。如英国植物分类学家杰弗雷（C.Jeffrey1982）在《植物分类学入门》一书中，将植物分类的历史划分为三个时期。
（一）人为分类系统时期（本草学）（远古──1830年左右）
    从远古原始人类认识植物开始到十九世纪初，人们对植物的认识主要从用、食、药开始，给植物以俗名，称民间分类学或称本草学阶段。这个阶段相当漫长。
    在我国，古书《淮南子》就有“神农尝百草，一日而遇七十毒”的记述。后东汉，公元200年左右的药书《神农本草经》，已记载了植物药365种，分为上、中、下三品，上品为营养的和常服的药共120种；中品为一般药共120种；下品为专攻病、攻毒的药共125种。这是我国最早期的本草书。此后每个朝代都有本草书出版，但以明代李时珍（1518-1593）的《本草纲目》最为著名，共收药物1892种，其中植物药1195种，分为草、谷、菜、果、木5部。草部又分为山草、芳草、湿草、青草、水草等11类。木部分乔、灌木等6类。虽然仍以实用角度出发，但已大大前进了一步，在世界上产生很大影响， 1659年被M.Boym 翻译成拉丁文，取名为中国植物志《Flora Sinensis》。清朝的吴其浚著有《植物名实图考》一书，记载我国植物1714种，分为谷、蔬、山草、湿草、石草、水草、蔓草、芳草、毒草、果、木等12类。
    在西方，这个阶段与我国相似，人类在和自然的斗争中认识了一些植物，并应用实用的、本草学的思路去分门别类。早在公元前，亚里斯多德的学生，希腊人Theophrastus 在公元前370-285年著有《植物的历史》等书，记载已知植物480种，用粗放的形态性状分为乔、灌、半灌、草本等4类，已知道了有限花序和无限花序；离瓣花和合瓣花之分。这在当时是非常了不起的事。后来，人们称他为“植物学之父”。 西腊军医Ｄioscorides（公元一世纪）写了《医学材料》一书，描述了近６００种植物，认为是最早的本草学书。
    整个中世纪，欧州处于黑暗时代，几无植物学书籍。直到十六世纪，科学家开始对植物真正发生了兴趣。 本草学研究在西方又开始恢复和发展起来。当时著名的本草学家有凯沙尔宾罗（Caesalpino 1519-1603）、布隆非普斯(Brunfels 1464-1534)、福克斯 (Fuchs 1501-1566)、J.Bock(1939)、德罗贝尔(Delobel 1538-1616)、哲拉德(Gerard 1545-1612)等人。主要采用体态、生长习性和经济用途等性状进行分类，但仍以植物是上帝创造的为出发点，属本草学的范畴。
    本草学的发展是历史的必然，这个时期的主要特点是从人类的需要和实用的角度出发的，因而分类的方法显然是人为的（artificial）.
    （二）自然分类学时期（十七世纪──达尔文进化论发表，1859年 ）   
   1．机械分类学阶段
   英国植物学家雷约翰(John Ray 1628-1705)在《植物的历史》一书中，首先认识到胚中有一片或二片子叶之分，但没有认识到分类意义，只将其放在次要的地位。他写过很多书，在《植物的分类方法》中，以一复杂的分类系统处理了18000种，认为植物的所有性状都是有用的。
    瑞士人Ｊ.Bauhin和Ｇ.Bauhin兄弟，尤其后者在1623年写的《植物界纵览》一书，列出6000种植物，并给出了异名，使用了种加词，为林奈后来的《植物种志》提供了方向。
    法国人Tournefort (1700年)写了《植物基础》，将9000种植物划归为22纲698属，对属有了进一步认识，这一分类系统在法国一直被采用到今天。
     瑞典人林奈（ C. Linnaeus 1707-1778），对大量植物进行了研究，将当时分类的混乱局面做了整理。1735年在他的《自然系统》一书中，根据雄蕊的数目、特征以及和雌性的关系，将植物分成24纲。